Construída com o produto das esmolas dos seus moradores e de outros devotos, esta capela criou um atractivo para a fixação de mão-de-obra que afluía para os trabalhos agrícolas da Quinta da Cardiga. Este facto e a circunstância de se encontrar perto da estrada que naquele tempo conduzia de Lisboa a Coimbra e posteriormente no entroncamento das estradas da Golegã, Torres Novas e Barquinha, fizeram desta Capela e do primitivo poço existente no seu adro (actual Chafariz) como que um pequeno oásis na transição da Charneca arenosa dos montados do Sul do Tejo para a planície de cereais e hortas a Norte do mesmo rio. A Capela de São João das Vaginhas foi construída no meio de um olival tendo o proprietário cedido o terreno gratuitamente.


Como o Entroncamento se desenvolvesse de dia para dia, cada vez mais se foi fazendo sentir a necessidade de assistência espiritual o mais amiúde possível. Para tal, entendeu-se por bem que na Capela de São João se celebrasse Missa aos Domingos e dias santificados, provendo a essas necessidades os párocos das paróquias de Atalaia e da Golegã.
Solicitou-se então ao Cardeal Patriarca de Lisboa (1919) a autorização para que qualquer sacerdote na qualidade de capelão pudesse ali celebrar missa de 15 em 15 dias. Os casamentos e baptizados continuaram a ser realizados na Igreja de Atalaia ou na Capela da Cardiga.


Mais tarde houve uma evolução da situação e começaram a realizar-se os baptismos na Capela de São João, no dia da sua festividade. Os primeiros tiveram lugar em Junho de 1920. Nesse dia realizaram-se seis baptismos.
Desde então, o povo do Entroncamento, verificou-se a seguinte atitude: os pais mais preocupados com o baptismo dos seus filhos levavam-nos a baptizar durante o ano à Capela da Cardiga ou à Igreja da Atalaia, no entanto um grande número esperava pela festa de São João e só neste dia, único em que durante o ano se faziam baptismos na capela, levavam lá os filhos a receber o sacramento. Assim se explica como se chegaram a fazer dezenas de baptismos no dia de São João.


Com licença especial do Cardeal Patriarca de Lisboa, D. António Mendes de Belo, passaram-se, também, a celebrar casamentos na Capela das Vaginhas. O primeiro foi o de José Cipriano e Solange do Silva Alfaro, realizado no dia 20/08/1921.
Em 25 de Agosto de 1926, o Entroncamento é elevado a freguesia, pelo Decreto Lei Nº 12.192, ficando a pertencer a um só concelho, o da Barquinha, já que antes a nossa terra se encontrava dividida entre duas freguesias: a parte poente da linha férrea pertencia à freguesia de Santiago (concelho de Torres Novas), a parte a Nascente da linha pertencia à freguesia da Atalaia (concelho de Vila Nova da Barquinha).

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Em 1927, a nova freguesia civil foi reconhecida pelas entidades eclesiásticas, e por falta de templo próprio passou todo o serviço de culto a realizar-se na capelinha de São João Baptista, nas Vaginhas, onde aliás grande parte dos entroncamentenses havia muito tempo assistiam aos actos religiosos. O Patriarcado de Lisboa, como não podia deixar de ser, consagrou a freguesia de Entroncamento ao orago das Vaginhas, São João Baptista.


A sua estrutura arquitectónica é bastante simples, apresenta apenas uma nave, duas janelas que iluminam a capela a meio da nave. O sino da capela está suspenso, no exterior, num arco de volta perfeita, situado na parede lateral direita.
Chegando a estar à beira da ruína, a reconstrução de 1982/83, devolveu à Capela de São João Baptista a sua vitalidade.


Adaptado de “Os Casais das Vaginhas”, de Luís Miguel Preto Batista

Localizada no Entroncamento.

A crença e a devoção religiosas da população cristã, naquele que viria a ser um populoso bairro do Entroncamento, era já bastante forte nos princípios do século XVII, pois nessa altura edificou-se nos Casais das Vaginhas a Capela de São João Baptista.