La iglesia fue concluida en 1576, y el exterior sorprende por su majestuosidad, en el que destaca la triple cabecera con grandes escudos. La portada se encuentra en los pies y es obra posterior, con una imagen de la Virgen en alabastro. El interior manifiesta su poca profundidad a la vez que las amplísimas proporciones de sus tres naves, con dos tramos cada una, de la misma altura, cubiertas con bóveda de crucería, al igual que las capillas de la cabecera. En la mayor se labraron grandes escudos imperiales y las laterales fueron dotadas por los comendadores Diego Santillán (lado del Evangelio) y Nicolás de Ovando (lado de la Epístola). En el muro de la epístola se ubica la capilla del comendador de Piedrabuena, Antonio Bravo de Jerez, que tuvo un retablo pintado por Luis de Morales, actualmente en la iglesia de Santa María de Almocóvar. Una puerta con arco carpanel da ingreso al claustro.

El convento se levanta en el lado norte de la iglesia. Su fachada se muestra sobria y un pequeño claustro permite el acceso al principal, obra de verdadero interés que muestra el paso del gótico al Renacimiento. De dos plantas, cuadrado, en la inferior se abren arcos de rebajados sobre altos podios, mientras que en la superior las ventanas se agrupan de dos en dos. Se cubre con bóvedas de crucería y en él se abren distintas dependencias. Hay que hacer una mención especial a la galería porticada de la hospedería o de Carlos V, que ha recuperado su aspecto primitivo hasta mostrar sus tres plantas con sus correspondientes columnatas de orden jónico, sobre las que se levantan arquerías de arcos rebajados en la inferior y de medio punto en la principal; la tercera es adintelada. En sus extremos, hay dos torrecillas cilíndricas rematadas con pináculos, gótica una y renacentista la otra, y los escudos de Carlos V y Felipe II.