O actual templo foi reconstruído sobre uma anterior Igreja, após ter ficado francamente destruído com o grande Terramoto de 1755 que abalou tanto da capital Portuguesa. Em 1768 têm inicio as obras de reconstrução, conforme o projecto do Arquitecto Remígio Francisco de Abreu, invertido relativamente à orientação da igreja antiga, e seguindo traçado típico do Convento de Mafra.

A Igreja, de nave única de planta longitudinal, apresenta duas torres sineiras quadrangulares, capela-mor rectangular e oito capelas laterais. As pinturas do interior estão atribuídas a João Grossi e a Pedro Alexandrino de Carvalho, e as do tecto da nave a Jerónimo de Andrade.

A bonita Igreja de São Paulo situa-se no Largo de São Paulo, na zona histórica da cosmopolita cidade de Lisboa, desde sempre uma próspera zona comercial, próxima do concorrido Cais do Sodré.

A fachada ostenta a orgulhosa imagem da representação da “Conversão de São Paulo” e as imagens de São Paulo e São Pedro, estando o portal central ladeado por duas portas de verga recta e molduras recortadas.