Originalmente, a Sé Nova foi a Igreja do Colégio dos Jesuítas (Colégio das Onze Mil Virgens), que se haviam instalado em Coimbra em 1541. A igreja começou a ser construída em 1598, seguindo um projeto do arquiteto oficial dos jesuítas de Portugal, Baltazar Álvares, influenciado pela igreja do Mosteiro de São Vicente de Fora de Lisboa. As obras foram muito lentas e o culto somente se iniciou em 1640, com o templo sendo inaugurado apenas em 1698.

Em 1759, os Jesuítas foram banidos de Portugal pelo Marquês de Pombal e, em 1772, a sede episcopal de Coimbra foi transferida da velha Sé românica para a espaçosa igreja jesuíta.

A fachada da igreja é marcada por fortes linhas e possui quatro estátuas de santos jesuítas. A parte superior da fachada, terminada só no século XVIII, tem decoração barroca e contrasta com as partes inferiores, em estilo maneirista. O interior é de uma só nave abobadada com capelas laterais e transepto com cúpula e lanternim. O transepto e a capela-mor estão decorados com enormes e magníficos retábulos de talha dourada, construídos em finais do século XVII e princípios do século XVIII. As capelas laterais contém vários retábulos maneiristas e barrocos.

O cadeiral da capela-mor, do século XVII, foi trazido da Sé Velha, assim como a magnífica pia baptismal de uma das capelas laterais, esculpida em estilo gótico-manuelino por Pero e Felipe Henriques no início do século XVI.




A Sé Nova de Coimbra, situa-se no Largo da Feira perto da Universidade de Coimbra, freguesia de Sé Nova.

Antiga igreja do Colégio da Companhia de Jesus, de que faz parte integrante, outrora conhecida por Igreja do Santo Nome de Jesus