No ano de 1496, após a extinção da judiaria grande, a sinagoga acabou por servir para culto cristão, sendo então denominada Igreja da Conceição dos Freires.

Chegou a ser o segundo maior templo de Lisboa, só atrás do Mosteiro de Santa Maria de Belém. Nela esteve a sede da primeira Misericórdia do país. Pertenceu à Misericórdia até 1768. O templo foi destruído pelo terramoto de 1755 e os bens foram incorporados numa outra edificação que passou a chamar-se de Conceição Velha. Recebeu este nome para a diferenciar da igreja da Conceição Nova. Os freires de Cristo tiveram-na como templo seu até 1834.

A autoria é de Francisco António Ferreira Cangalhas e Honorato José Correia.

O seu portal e janelões integram elementos barrocos e manuelinos. O interior é pombalino, possuindo apenas uma nave.

O portal leva uma representação de de Nossa Senhora da Misericórdia. O manto de Nossa Senhora é segurado por dois anjos e dá protecção ao rei D. Manuel I e à rainha D. Leonor.

A capela do Santíssimo Sacramento da antiga Igreja da Misericórdia faz corresponder ao seu altar-mor. Na capela-mor encontra-se um quadro com dedicatória a Nossa Senhora do Restelo, oferta do Infante D. Henrique aos freires.

A Igreja da Conceição Velha é uma igreja localizada na Rua da Alfândega, na freguesia da Madalena, em Lisboa.

Está classificada como monumento nacional desde 1910. A igreja é data dos séculos XVI-XVIII.