Inaugurada em 1708, foi edificada por ordem da Condessa de Pontével, D. Elvira de Vilhena, demolindo-se então parte da Muralha Fernandina do século XIV e uma torre de vigia. O conjunto destas duas Igrejas estabelecia , então, uma das nobres portas da cidade.

O templo sofreu forte destruição com o terramoto de 1755, sendo restaurado e bastante alterado em 1784, de acordo com o plano do Arquitecto Manuel Caetano de Sousa, terminando-se as obras somente em 1875.

A bonita Igreja da Encarnação está situada em pleno coração de Lisboa, no requintado e mítico Largo do Chiado, em frente à famosa Igreja de Nossa Senhora do Loreto.

A fachada do Templo apresenta-se num estilo Neoclássico conjugada com diversos elementos ‘Rocaille’ tardios, dispondo interessantes imagens de Santa Catarina que faziam parte da antiga porta medieval.