É obra do rei D. Afonso V, que em cumprimento de um voto que fizera a Santo António para auxiliá-lo nas conquistas do norte de África, o mandou levantar. Foi o próprio rei, com grande acompanhamento de clero, nobreza e povo, que lançou a primeira pedra em Fevereiro de 1470.

Sofre obras de vulto após o terramoto de 1531 que lhe imprimem um cunho maneirista a que se vêm somar as campanhas barrocas e novecentistas.

Com o decreto da extinção das ordens religiosas e da expropriação de todos os seus bens, assinado por D. Pedro IV em 28 de Maio de 1834, o convento passa para as mãos do estado. Em 1845 é vendido em hasta pública.

Em 1861, passa de novo para a posse da ordem Franciscana, foi de novo extinto entre 1918 e 1928, quando voltou a pertencer aos Franciscanos função que ainda mantém na actualidade.

O Convento de Varatojo situa-se na freguesia de Santa Maria do Castelo e São Miguel, em Torres Vedras, Distrito de Lisboa, Portugal.

Foi classificado como Monumento Nacional em 23 de Junho de 1910.