Museu de Arte Sacra de Santos funciona no prédio do Antigo Mosteiro de São Bento. Fundado no ano de 1981, ocupa o complexo arquitetônico cujas obras iniciaram em 1º de janeiro de 1650, anexado à Igreja de Nossa Senhora do Desterro, construida no ano de 1631. O museu é considerado o segundo mais importante do Estado de São Paulo, dentro da sua especialidade. Divide-se em dez espaços temáticos, organizados em coerência com as atividades das antigas salas do Mosteiro. O acervo atual conta com mais de 600(400 em exposição) peças sacras e religiosas a partir do século XVI, incluindo imagens, como de Santa Catarina de Alexandria, de 1540; a de Nossa Senhora da Conceição, de João Gonçalo, mestre comparável ao Aleijadinho, de grande valor artístico; e de Santo Amaro, originário da Fortaleza da Barra Grande. Além disso, possui quadros valiosos, como os do artista Benedito Calixto; alfaias; oratórios, sendo que a maioria das obras é de origem brasileira, dos períodos colonial e imperial.

O Museu de Arte Sacra de Santos também possui coleção de máscaras ritualísticas e telas de artistas consagrados com temática não religiosa, além da Biblioteca “Frei Gaspar”, contando com mais de quatro mil títulos, incluindo a obra rara “Memórias para a História da Capitania de São Vicente” de 1793, do autor que dá nome à biblioteca. Pelo acervo estão espalhados artefatos de arte popular, outros utilizados pelos Bispos da diocese de Santos, e crucifixos da coleção particular (em prata, madeira, marfim e osso de baleia).