O maior tesouro de Mafra é a sua biblioteca, com chão em mármore, estantes em estilo rococó e uma coleção de mais de 40.000 livros com encadernações em couro gravadas a ouro, incluindo uma segunda edição de Os Lusíadas de Luís de Camões.

O magnífico pavimento é revestido de mármore rosa, cinzento e branco. As estantes de madeira estilo rococó, situadas em duas filas laterais, separadas por um varandim contêm milhares de volumes encadernados em couro, testemunhando a extensão do conhecimento ocidental dos séculos XIV ao XIX.

Entre eles muitas jóias bibliográficas, como incunábulos. Estes volumes magníficos foram encadernados na oficina local, também por Manuel Caetano de Sousa.

Actualmente, o único residente do Palácio é um antigo tipógrafo, de nome Gil Mangens. Descendente de uma família de origem francesa, que chegou a Lisboa no século XVIII por altura da construção do Palácio, na pessoa de um gravador de nome Mangens, devotou, à imagem de seu pai e avô, toda a sua vida ao monumento que o acolhe.

Situada ao fundo do segundo piso é a estrela do palácio, rivalizando em grandiosidade com a Biblioteca da Abadia de Melk, na Áustria. Construida por Manuel Caetano de Sousa, tem 88 m de comprimento, 9.5 de largura e 13 de altura.

O conjunto arquitectónico do Palácio Nacional de Mafra foi classificado como Monumento Nacional em 1910.