Foi em 1859 que o Conselho da Escola escolheu no Monte Olivete o local para implantação deste Jardim. Os trabalhos de construção do jardim deram início em 1873, sob a alçada dos professores Conde de Ficalho e Andrade Corvo.

Edmond Goeze foi o jardineiro-paisagista alemão que dirigiu em Lisboa, a partir de 1873, a construção do Jardim Botânico da Escola Politécnica. E. Goeze concentrou-se na parte superior do Jardim, onde foram plantadas algumas famílias de Dicotiledóneas e algumas Gimnospérmicas.

O seu sucessor, o botânico francês Jules Daveau, em 1876, desenvolveu a zona inferior do jardim, criando o traçado da Alameda das Palmeiras e inventando um sistema de rega dos riachos e cascatas, onde foram colocadas algumas famílias de Monocotiledóneas.

O Jardim Botânico da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa surge da necessidade de criar um complemento prático no ensino e investigação da botânica, da então Escola Politécnica.

A inauguração do Jardim botânico de Lisboa deu-se em 1878 e conta com diversas espécies tropicais, oriundas da Nova Zelândia, Austrália, China, Japão e América do Sul.