Mit seiner Ausrichtung auf Filmemacher-, Underground- und Avantgardefilme grenzte sich das Abaton deutlich von den Programmen der übrigen Hamburger Kinos ab. Zusätzlich zu den planmäßig vorgeführten Filmen gehörten stets anschließende Kurzfilme. Um die wirtschaftliche Existenz zu sichern, wurden im Laufe der Jahre neben politischen Filmen und Filmkunst auch massentauglichere Werke in das Programm aufgenommen, dies jedoch immer mit einem gewissen Anspruch, häufig eingebettet in begleitende Filme. Gegenwärtig ist das Abaton in Hamburg fest etabliert und zeigt vorwiegend aktuelle Filme abseits des Popcorn-Kinos, oft im Originalfassung mit Untertiteln (OmU), daneben aber auch Filmklassiker, Dokumentationen, Kinderfilme und thematische Reihen. Überproportional oft sind auch Regisseure, Autoren, Darsteller und andere Filmschaffende im Abaton zu Gast.