Tras el asalto anglo-holandés de 1596, Felipe II ordenó a Cristóbal de Rojas la construcción de una fortaleza defensiva través de una Real Cédula el 25 de octubre de 1597. El arquitecto murió antes de concluir su proyecto.

La obra final no era tan ambiciosa como la proyectada.

Durante el reinado de Carlos II se construyó la capilla y la sacristía en 1693. Esta capilla está dedicada a Santa Catalina de Alejandría y a la Purísima Concepción.

Carlos III en 1769 lo convirtió en prisión militar para personalidades destacadas. En ella estuvieron liberales e independentistas americanos y, en el S.XX algunos implicados en golpe de estado del 23 de febrero de 1981.

El Ministerio de Defensa dejó de hacer uso del castillo en 1991.
Capilla del castillo de Santa Catalina.

En este sitio permaneció desterrado de la nueva España el caudillo de la Independencia de México Mariano Abasolo, quien tras ser capturado se le perdonara la vida enviándole a purgar la sentencia de 10 años de prisión muriendo a los 5 años en brazos de su amada esposa la Señora Doña Manuela de Rojas Taboada, a la edad de 32 años el dia 14 de abril de 1816. Se le recuerda en Mexico como héroe de la patria a pesar de que para salvar su vida delató a otros caudillos traicionando así a la causa

El Castillo de Santa Catalina es una fortificación de Cádiz situado en La Caleta y avanzado en el mar sobre unas escolleras. Fue construido contra la voluntad de los gaditanos a finales del siglo XVI siguiendo los planos del ingeniero Rojas. De planta pentagonal, llama la atención las puntas que a manera de estrella salen al mar.

Actualmente es utilizado para actos culturales, como los relacionados con el festival de cine Alcances.