Este templo jesuíta, datado do século XVII, foi erigido no local onde se encontrava o Paço Real da Alcáçova Nova, que se encontrava abandonado desde o tempo de D. João II. Mais tarde, com a expulsão dos jesuítas de Portugal, por ordem do Marquês de Pombal, o edifício passou a acolher o Seminário Patriarcal, tendo assim permanecido até ao século XX.

A Igreja de Nossa Senhora da Conceição do Colégio dos Jesuítas, igualmente conhecida como Igreja do Seminário, situa-se no centro histórico de Santarém, mais precisamente na freguesia de São Salvador.

Aquando da criação da Diocese de Santarém, em 1975, a igreja foi elevada a Sé Catedral.