Fue fundado el 31 de marzo de 1916 por Decreto del Poder Ejecutivo de la Nación (en ese momento no fue Colegio Nacional sino Escuela Intermedia). Firman este Decreto el ex Presidente Dr. Victorino de la Plaza y el ex Ministro de Justicia e Instrucción Pública, Dr. Carlos Saavedra Lamas. Luego de 1 año de funcionamiento, por Ley de Presupuesto de 1917 se creó el actual Colegio Nacional designándose por Decreto del 11 de mayo de 1917 Personal Directivo y Docente que firman el ex Presidente de la Nación Dr. Hipólito Yrigoyen y el ex Ministro de Justicia e Instrucción Pública Dr. José C. Salinas, otorgándose la rectoría al Dr. José María Pirán.



El Colegio Nacional de San Isidro (CNSI) es una institución pública de enseñanza secundaria ubicada en la ciudad de San Isidro, Argentina.

El colegio ha tenido un gran éxito en diferentes Olimpiadas a nivel nacional e internacional, pero en la que más se destaca es en las Olimpiadas de Matemática.