Die evangelische St.-Thomas-Kirche des Kirchenkreises Berlin Stadtmitte, am nördlichen Ende des Mariannenplatzes im Berliner Ortsteil Kreuzberg gelegen, ist ein spätklassizistischer Kirchenbau aus dem 19. Jahrhundert. St. Thomas war etwa der geografische Mittelpunkt der dicht besiedelten Luisenstadt Berlins. Zur Zeit ihrer Erbauung war die Kirche mit 3000 Plätzen der größte Sakralbau Berlins und die St. Thomas-Gemeinde mit ca. 150.000 Mitgliedern eine der größten evangelischen Gemeinden der Welt.

Der Gebäudegrundriss besitzt die Form eines lateinischen Kreuzes. Im Zentrum erhebt sich eine 56 Meter hohe Kuppel, in Richtung des Mariannenplatzes befinden sich zwei 48 Meter hohe Türme.

Der Name St. Thomas bezieht sich auf den Apostel Thomas.

Die St.-Thomas-Kirche wurde zwischen 1865 und 1869 durch den Architekten Friedrich Adler, einen Schüler Friedrich August Stülers, im Auftrag der Berliner Stadtverwaltung errichtet. Für den Architekten stellte der Bau, der ihn deutschlandweit bekannt machte, den Durchbruch für seine Karriere dar. Die große Orgel mit 52 Registern stammte von Wilhelm Sauer.

Während des Zweiten Weltkriegs zerstörte ein Luftangriff am 22. November 1942 die Chorfenster und die östliche Empore der Kirche. Die Innenausstattung ging während des Krieges und in den ersten Nachkriegsjahren vollständig verloren. Der Wiederaufbau erfolgte zwischen 1956 und 1963 durch Werner Retzlaff und Ludolf von Walthausen. Die Außenfassade wurde dabei nach historischen Vorlagen rekonstruiert, der Innenraum erfuhr dagegen einige Veränderungen.

Nachdem die Kirche 1985 wegen Asbestverseuchung und 1998 wegen einer erneuten Sanierung der Außenfassade geschlossen werden musste, ist das Gotteshaus seit 1999 wieder geöffnet.

Die Kirchengemeinde von St. Thomas hatte bis zur Abtrennung der um den Görlitzer Bahnhof herum neu gebildeten Emmaus-Gemeinde 1887 etwa 150.000 Gemeindemitglieder und war damit eine der größten Gemeinden weltweit.

Durch den Bau der Berliner Mauer 1961 wurde die Gemeinde geteilt und lag darüber hinaus nicht mehr im Zentrum der Stadt, sondern am Stadtrand von West-Berlin. Die schwierigen sozialen Verhältnisse in Kreuzberg wirkten sich auch auf die Gemeinde aus, die bei den Hausbesetzungen in den 1980er Jahren eine aktive Rolle spielte.

Im Jahr 2006 hatte die Gemeinde rund 1.800 Mitglieder.