Uno de los palacios más modernos y más grandes que rodean la plaza mayor del gran Qosqo era la pertenencia de Wayna Qhapaq. Ese palacio llamado Amarukancha se otorgó a Hernando Pizarro después de la invasión española.
Años mas tarde la propiedad fue comprada a los herederos del conquistador por Diego de Silva y su esposa Teresa Orgoñez que lo donaron a los Jesuitas tiempo después de su llegada a esta ciudad en 1571; para que puedan construir ellos una iglesia. El fundador de la ´´Sociedad de Jesús´´ o el Orden de Jesuitas fue San Ignacio de Loyola.

Plaza de Armas del Cusco.

La iglesia principalmente fue hecha con andesita y tiene la más bonita fachada entre las iglesias de la ciudad. En la entrada principal esta la Virgen Concepción Inmaculada tallada en berenguela (mármol) muy cerca de ella hay dos capillas externas que se apoyan a la iglesia principal; hacia el norte está la capilla de la Virgen de Loreto (desde 1894 es conocida como la capilla de la Virgen de Lourdes) que hoy todavía sirve para el culto y donde casi siempre se adora al Señor de Burgos (que se trajo de los demolimos de la iglesia de San Agustín). Hacia el sur está la capilla de San Ignacio de Loyola que se otorgó a la Sociedad del Qosqo de Artesanos. Dentro de la iglesia hay una nave ancha; en su extremo el Altar Alto que fue tallado en madera de cedro con un estilo híbrido por Diego Martínez de Oviedo, también fue completamente dorado con hojuelas de oro por Cristóbal Clemente en 1670. Este altar tiene 21 metros (69 pies) de alto y 12 mts. (39 pies) de ancho, en su parte central está la efigie de la Virgen Concepción Inmaculada y superiormente hay una lona que representa la Transfiguración del Señor; encima de él hay una estatua del mismo Orden de algún personaje no identificado. La nave principal también tiene un camino que comunica las dos capillas laterales, hay seis retablos con estilo de los buzos y un púlpito completamente dorado.

En ambos lados del Altar Alto hay otros 4 altares de madera cedro, tres de ellos muy ricos.
Después de los trabajos de la restauración en 1986 se descubrió bajo el Altar Alto un subsuelo muy interesante.