Em 1554, encontrava-se praticamente concluída de acordo com o formulário do Primeiro Renascimento.

A nova igreja passou a ter três naves e quatro tramos, sem transepto, com cobertura única de madeira para a totalidade das naves e cabeceira formada apenas pela ousia.

O terremoto de 1755 provocou sérios danos. Inicialmente tudo foi reparado, tornando-se, no entanto, necessário reedificar a igreja alguns anos mais tarde.

A antiga ermida medieval de São Martinho foi profundamente alterada no segundo quartel do século XVI, quando este templo foi elevado a sede de freguesia.

As obras iniciaram-se nos princípios do século XIX sob orientação do arquitecto Francisco Xavier Fabri, trazido de Itália pelo grande mecenas, Bispo do Algarve, D. Francisco Gomes do Avelar. Este arquitecto respeitou os valores estéticos preexistentes tendo, no entanto, construído uma nova fachada de majestosa composição neo-clássica.