A Igreja Matriz de Machico sofreu várias obras de restauro, as mais significativas realizadas nos séculos XVII e XVIII, sem contudo modificarem o esquema organizativo do templo medieval.
A Igreja Matriz foi mandada construir pela família dos Capitães-Donatários nos finais do Séc. XV. A Capela de S. João ostenta o brasão dos Teixeiras e a Capela do Espírito Santo exibe as armas dos Morais. A Capela do Santíssimo Sacramento foi instituída por Branca Teixeira, uma das filhas do primeiro Capitão – Donatário, e nela se encontrava uma magnífica pintura flamenga, representando a Adoração dos Reis Magos, actualmente depositada no Museu de Arte Sacra do Funchal. Encontra-se, agora, no seu lugar uma réplica desta pintura renascentista.

A Igreja sofreu sucessivas intervenções ao longo dos séculos. A torre sineira foi erguida em 1853, pois a original, provavelmente de gramática tardo-
-gótica, foi demolida por ameaçar ruína.

A pintura do tecto da igreja data de 1933 e é atribuída ao pintor João Fermino.

O Baptistério e o Coruchéu da Torre foram construídos em 1963/1964.