O edifício actual deriva da antiga Igreja da Conceição dos Freires, anterior templo destruído no grande terramoto de 1755 que assolou grande parte da cidade de Lisboa. Este templo anterior tinha origens na antiga sinagoga que foi cristianizada aquando a extinção da judiaria em 1496.
Os danos causados pelo terramoto foram tais que os poucos bens que sobraram foram integrados na antiga Igreja da Misericórdia, que ficou então com a designação de “Conceição Velha”, passando então a da Misericórdia para o templo de São Roque.
Este edifício do século XVIII recebeu então muitos elementos do período Manuelino, como é visível na fachada profusamente decorada ao estilo Barroco, contudo albergando um largo número de elementos decorativos típicos do século XVI.

O grande destaque da Igreja vai para o seu Portal Manuelino, representando Nossa Senhora da Misericórdia, parte integrante da anterior Igreja da Misericórdia, também destruída pelo terramoto. No portal estão esculpidos a Imagem de Nossa Senhora da Misericórdia, figurando também o rei D. Manuel I, a Rainha D. Leonor e o Papa Leão X.

A Igreja de Nossa Senhora da Conceição Velha situa-se bem no coração da cosmopolita Lisboa, na Rua da Alfandega, bem próxima da central Praça do Comércio.


Outra das riquezas da Igreja é a imagem de Nossa Senhora do Restelo, ofertado pelo Infante D. Henrique aos freires à Capela de Belém, onde oravam os navegadores antes de partirem nas suas conquistas Marítimas, por altura dos Descobrimentos Portugueses.