En la isla existe un monumento funerario de la época romana, lo cual nos da a entender la antigüedad de sus pobladores, pero del barrio en sí, no se concoce una fecha determinada de creación o asentamiento.

Se tiene conocimiento escrito de la existencia del mismo desde antes de 1810, pues inmersa España en la Guerra de la Independencia contra Napoleón, los miembros de la Junta de Sevilla, integrados ya en la Junta Central Suprema, que promulgaría posteriormente en Cádiz la Constitución de 1812, conocida popularmente como La Pepa, se refugiaron en la Isla de Canela, atraídos por su difícil acceso y su cercanía a la frontera portuguesa. Con la toma de Sevilla el 31 de enero de 1810 por los franceses, la Academia Militar de Sevilla se convirtió en batallón, con Mariano Gil de Bernabé al frente del mismo, dirigiéndose hacia Niebla para llegar hasta Isla Canela, Ayamonte con la orden de poner a buen resguardo los caudales públicos que gestionaba la Junta Central Suprema en ese momento. En Ayamonte fue disuelta la Academia oficialmente el 11 de febrero.

Hoy en día y con el auge de turismo en la zona, el barrio a dura penas logra mantener su ambiente marinero y familiar que lo caracteriza.

La barriada de Isla Canela, se encuentra enclavada al sur de Ayamonte, Huelva, ciudad a la que pertenece, y de la que se halla separada por un brazo de mar de apenas 300 metros de ancho, delimitada por la orilla española del rio Guadiana, es una barriada meramente marinera. Su nombre da origen al de la isla donde esta situada, entre los rios Guadiana (frontera con Portugal) y Carreras (con Isla Cristina).