Die Johanniskirche ist eine von Karl Friedrich Schinkel entworfene Kirche in Berlin-Moabit. Sie gehört zu den vier Schinkelschen Vorstadtkirchen, die ursprünglich alle einen ähnlichen Bauplan hatten. Sie trägt ihren Namen nach Johannes dem Täufer.

Von 1832 bis 1835 wurde sie am Spandauer Heerweg, der heutigen Straße Alt-Moabit, errichtet. Am 24. Juni (dem Johannistag) 1835 fand ihre Einweihung statt. Wie auch die baugleiche Alte Nazarethkirche war die Kirche zunächst ein schlichter Backsteinbau ohne Turm. Sehr bald kam es zu Erweiterungsplänen, da die Gemeinde rasch wuchs. Friedrich August Stüler machte bereits 1844 dementsprechende Entwürfe, die ab den 1850er Jahren Umsetzung fanden. In mehreren Bauabschnitten kamen die Gemeindeschule, das Pfarrhaus, der links neben der Kirche stehende 47,60 Meter hohe Campanile, die Vorhalle und der Arkadengang hinzu, was der gesamten Anlage ein italienisches Aussehen verschafft. Zuletzt entstand 1865 noch das Küsterhaus durch den Maurermeister Assmann.

Da die Kirche für die weiterhin gewachsene Gemeinde zu klein geworden war, musste sie – obwohl 1894 die Heilandskirche als weitere Predigtstätte eingeweiht worden war – vergrößert werden. Dazu fügte Max Spitta 1895/1896 das Querhaus und den neuen Chor an. Der Raum verfügte mit den Emporen nunmehr über 1000 Sitzplätze.

Die Johanniskirche wurde im Zweiten Weltkrieg stark beschädigt, der Innenraum brannte während eines Luftangriffs am 23. November 1943 völlig aus. In den Jahren 1952–1957 erfolgte unter Leitung Otto Bartnings der Wiederaufbau des Areals. Dabei kam er mit dem Landeskonservator Hinnerk Scheper überein, dass die Spittasche Erweiterung zwar beibehalten werden sollte, die Wiederherstellung jedoch möglichst im Schinkelschen Sinne zu erfolgen hätte. Die Einweihung der – im Innern vereinfacht wieder hergestellten – Kirche fand am 23. Juni 1957 statt. Statt des Chor-Apsis-Schlusses weist die Kirche nunmehr einen vierten Giebel auf, hinter dem in mehreren Etagen Gemeinderäume liegen. Dementsprechend ragt im Innern der Altarraum nur noch wenig in diesen vierten Arm der Kirche hinein. Auf der neuen Altarmensa steht eine spätgotische Triumphkreuzgruppe, die aus der im Zweiten Weltkrieg zur Ruine gewordenen Franziskaner-Klosterkirche stammt. Das Balkenkreuz, an dem der Gekreuzigte hängt, ist modern – auch stehen die Figuren näher beieinander als ursprünglich.

1963 errichteten die Architekten Hans C. Müller und Georg Heinrichs anstelle des 1896/1897 erbauten und 1945 ausgebrannten Gemeindehauses einen Neubau, der sich mit seiner dunklen Klinkerverblendung an den gegebenen Gebäuden orientiert.

Das gesamte Areal steht mit allen Nebengebäuden und dem Friedhof unter Denkmalschutz und liegt im Gebiet des Kirchenkreises Berlin Stadtmitte.