Do núcleo de imaginária existente na Matriz de Alte, composto por quinze exemplares de madeira, destaca-se a imagem de Santa Margarida. Outrora era o orago de uma pequena ermida situada na freguesia, presentemente em ruínas, no sítio de Santa Margarida.
De referir o dinamismo sugerido pela posição curvilénea do corpo e dos braços da santa e pelo dragão, de cauda agitada e boca aberta. Para além da palma de mártir, sobressai o dragão fantasiado, de grandes dimensões, que está sob os pés da santa, atributo comum aos primeiros evangelizadores de uma região idólatra.
Pelas suas características formais e iconográficas pode inserir-se na época barroca, concretamente no segundo quartel do séc. XVIII, levantando a hipótese de ter sido feito pelo melhor escultor algarvio, o mestre Manuel Martins.
Dona Bona, mulher de Garcia Mendes de Ribadaneyra, 2° senhor de Alte e 1° vidama do Algarve, terá fundado nos finais do século XIII, a igreja matriz, consagrada a Nossa Senhora da Assunção, ´´em acção de graças por seu esposo ter regressado da oitava cruzada à Palestina ´´ (Isabel Raposo, Alte na roda do tempo, ed. Casa do Povo de Alte, 1995, p. 134).
O templo então construído refere-se seguramente a uma capela particular, que não estava sujeita a jurisdição do Bispo de Silves nem à Ordem Militar de Santiago, detentora do padroado dos templos existentes no termo de Loulé. Só assim se justifica não vir incluída na listagem dos benefícios taxados em 1321 respeitantes a templos localizados no bispado do Algarve.
Na Visitação da referida Ordem, de 1517-1518, é indicado a propósito do templo actualmente correspondente à igreja matriz: ´´ achámos, por informação que disso tomámos, que a dita ermida foi fundada de novo pelos moradores de redor dela e eles a tornaram a fazer de novo como está e se faz à custa deles ´´(Suplemento da Revista Al´ulya, n° 5, 1996, p. 94).
Em 1534, na Visitação seguinte, continua a ser uma ermida pertencente a freguesia de S. Clemente de Loulé, cujo mordomo, Jerónimo Matoso, é morador na aldeia de Alte ( As Visitações da Ordem de Santiago ás Igrejas do Concelho de Loulé. Ed. SEC.-Faro,1993 ).
Finalmente, em 1554, já é referida pelos Visitadores de Santiago como Igreja Matriz de Nossa Senhora da Conceição e correspondentemente como sede de freguesia. (Visitação de Igrejas Algarvias da Ordem de Santiago de 1554, Ed. ADEIPA, Faro,1988).
O terramoto de 1755 provocou alguns danos neste templo, que prontamente foram reparados, destacando-se a abertura de dois óculos elípticos no frontispício e a renovação da ornamentação interior de diversas capelas.
A última grande campanha de obras foi realizada em 1829. Os responsáveis tiveram a preocupação de a sinalizar convenientemente, colocando dois algarismos dessa data de cada lado da tarja que remata o portal principal. Vejamos as intervenções então realizadas: no frontispício da igreja - a construção de uma nova empena em massa e a abertura de um janelão emoldurado de cantaria e rematado por um frontão triangular; no interior do templo - o engrossamento com argamassa das arcarias e das colunas, incluindo embasamentos, fustes e capitéis e a colocação de novos retábulos de madeira em diversas capelas.
Inexplicavelmente, o templo que estava a ser concluído em 1518, já com três naves, foi reconstruído por volta de 1538, sendo então utilizado o formulário manuelino. Sobrevivem como interessantes testemunhos dessa época a cobertura abobadada da capela-mor ´´com três arcos e represas de pedraria´´ e o portal principal ´´com seu sobrearco e pilares de pedraria (...) e nele uma tarja com uma cruz e os Mistérios da Paixão´´.
Em 1554 as obras estavam praticamente prontas, faltando somente terminar o campanário, cujo portal de acesso, de verga recta com diversos emolduramentos perspectivados, já utiliza as normas renascentistas. Deste período era também o retábulo da capela-mor, já desaparecido, que constituía um interessante exemplar da talha algarvia, de marcenaria.
As quatro capelas laterais do lado do evangelho foram ornamentadas com talha entre 1751 e 1789, período em que vigorou na região algarvia o formulário Rococó.
Desses retábulos sobressai o da capela do Morgado, em cujo remate se ostenta o brasão dos Condes de Alte. Trata-se do exemplar mais erudito, com planta em perspectiva côncava, estrutura tetrástila com banco, corpo e ático. As colunas têm o fuste compósito e o vocabulário ornamental acusa duas fases distintas, uma com concheados e cabeças de anjos e outra mais tardia, provavelmente resultante de uma intervenção oitocentista.
Os restantes retábulos são mais modestos, parecendo ter sido executados pela mesma oficina, de modesto estatuto. Apresentam planta plana ou recta, estrutura tetrástila mas sem colunas, prolongando-se a talha pelo arco.
Dos nove retábulos que ornamentam as capelas deste templo, somente o de Nossa Senhora do Monte do Carmo se integra na época barroca, tendo sido construído entre 1735 e 1751, período em que vigorou na região algarvia formulário `joanino´´.
Desconhece-se o responsável pelo risco e pela feitura da talha. Trata-se, no entanto, de um artista farense de muita cotação, provavelmente Tomé da Costa, genro e continuador da oficina de Manuel Martins.
Apesar de se tratar de um exemplar de modestas dimensões, utiliza a tipologia mais frequente no Algarve: planta plana, composição tetrástila com banco, corpo e ático. A ornamentação utiliza principalmente a folhagem de acanto, tratada com exuberância. As colunas têm o fuste compósito, prenúncio da transição para o Rococó.
Num anexo da igreja matriz, onde se expõe um pequeno núcleo museológico de arte sacra, encontram-se duas tábuas maneiristas, que parecem cobrir pintura muito mais antiga. Representam S. Lourenço e S. João Baptista, necessitando ambas de uma urgente intervenção de conservação e consolidação.
Devem ter pertencido ao retábulo outrora existente na capela lateral do lado da epístola, dedicado a S. Sebastião, tendo sido substituídas no século XIX por telas com representações idênticas.
Apesar de se desconhecer a identidade do mestre que as pintou, elas foram seguramente executadas, nos finais do século XVI, por uma oficina local, provavelmente sediada na cidade de Tavira, pois apresentam semelhanças com uma tábua existente na Igreja Matriz de Santiago desta cidade.
O intradorso da capela lateral do lado da epístola, dedicada a S. Sebastião, está revestido com azulejos de superfície lisa, de padrão polícrome, identificados por Santos Simões como exemplares de fabricação sevilhana do último quartel do século XVI, misturados com alguns exemplares da primeira metade do século XVI.
A escadaria de acesso ao púlpito foi revestida com azulejos figurativos reaproveitados da capela de Nossa Senhora do Carmo, provavelmente após o terramoto de 1755.
Os azulejos mais interessantes encontram-se nas paredes laterais e na cobertura da capela-mor. Representam anjos músicos rodeados por nuvens e cabeças de serafins. Foram colocados neste templo na primeira metade do século XVIII, provavelmente pelos irmãos Borges, os principais assentadores.