Foi construído, em 1529, pelos frades Capuchos da Província da Piedade, tendo estes sido substituídos posteriormente pelos Observantes da Província de Portugal. Como resultado do terramoto de 1755 sofreu profundas alterações que se estenderam até ao início do século XIX.

Com a expulsão das ordens religiosas promovida pelo triunfo do Liberalismo foi entregue às Forças Armadas, nele permanecendo o Regimento de Infantaria de Faro nas últimas décadas do século XX, sendo actualmente ocupado pela Escola de Hotelaria e Turismo de Faro.

O Convento de São Francisco é um edifício ´´notável´´ de Faro, situado no Largo de São Francisco, ao lado da Igreja de São Francisco.

Merece referência o seu claustro pela sua invulgar composição.