Em consonância como facto de o seu patrono ser o protector das pestes, situava-se outrora fora dos limites da cidade. Mesmo na elevação da cerca seiscentista ficou de fora, contrariamente ao seu vizinho Convento dos Capuchos. Sofreu importantes remodelações no séc. XVIII, sendo a sua decoração interior (talha e azulejaria) de estilo barroco.

A Ermida de São Sebastião é um edifício ´´notável´´ de Faro, de origem medieval.

Está actualmente ao serviço da Igreja Ortodoxa (Patriarcado da Roménia), sendo consagrada ao Apóstolo Tomé (Apostol Toma, em romeno). Tal facto originou uma alteração na decoração interior do templo, nomeadamente com a introdução de um ´´painel´´ com ícones ortodoxos à frente do altar.