Foi edificada nos limites da cidade, junto ao Campo da Trindade, por volta de 1644, data inscrita no primitivo sino do campanário.

Alguns anos mais tarde, quando se receou a invasão espanhola e a cidade foi envolvida por uma cerca circundada de valas, a importância deste templo justificou a sua inclusão no interior deste sistema defensivo.

Nas traseiras da ermida foi construído um Passo monumental, no terceiro quartel do século XVIII.

Ele surgiu como contributo da fábrica de curtir sola, criada em Faro, em 1779, que tomou em sua protecção a venerável imagem de Nossa Senhora do Pé da Cruz e as Almas Santas, «para que se alcance o bom fim que se dirige».

Ergue-se no Largo do Pé da Cruz, outrora do Poço dos Cântaros.

O interior da ermida apresenta uma interessante ornamentação da época barroca, nomeadamente no retábulo da capela-mor, na talha do arco triunfal e nos doze painéis pintados a óleo com cenas do, Antigo Testamento.

É ainda de realçar o acervo escultórico existente no seu interior, composto por mais de uma dezena de imagens setecentistas, na sua maioria em madeira.