Foi mandada construir, após a Reconquista cristã, em 1251 pelo Arcebispo de Braga D. João Viegas. Posteriormente foi entregue à Ordem de São Tiago.

Em 1577 tormou-se sede do assento episcopal da Diocese do Algarve, tendo poucos anos depois (1596) sido saqueada e incendiada pelas tropas inglesas do Conde de Essex. Reconstruída posteriormente, os terramotos de 1722 e 1755 motivaram contudo ainda outras obras. (O campanário inacabado assinala a vida atribulada do edifício.)

Destacam-se, no interior, os conjuntos de talha e o órgão, enquanto que no exterior é de assinalar a excelente vista, sobre a cidade e a ria, que é possível ter do cimo da torre sineira.

A Sé Catedral de Faro, também conhecida por Igreja da Sé ou Igreja de Santa Maria, é um edifício ´´notável´´ de Faro situado no largo da Sé.

Da traça inicial, mantém-se a torre da frontaria e o portal ogival, as capelas laterais, o órgão barroco e um retábulo maneirista em talha, são obras mais recentes.