Das Museum der Moderne Salzburg (MdM-Salzburg) verfügt über zwei Standorte, das in der Salzburger Altstadt befindliche Stammhaus Rupertinum (MdM-Rupertinum), das 1983 eröffnet wurde, sowie den 2004 eröffneten Neubau auf dem Mönchsberg (MdM-Mönchsberg).

Das Museum geht auf eine Stiftung des Salzburger Kunsthändlers Friedrich Welz (Galerie Welz) zurück, in seiner Privatsammlung befand sich auch ein Gutteil des Werks seines Freundes Oskar Kokoschka.

1983 wurde beschlossen, ein eigenes Museum dafür zu begründen, und in einem Altstadthaus, dem Rupertinum als Salzburger Museum für moderne Kunst und graphische Sammlungen. Integriert werden könnte unter dem ersten Direktor auch die Österreichische Fotogalerie des Bundes.

Nach zwanzig Jahren des Bestehens konnte nach langer Entscheidungsfindung der Bau eines weiteren Museums auf dem Mönchsberg begonnen werden. 2003 wurde die Museum der Moderne – Rupertinum Betriebsgesellschaft mbH eingerichtet, und das zweite Haus Oktober 2004 eröffnet, und zeigt seither Sammlungsbesitz und Wechselausstellungen.

In beiden Häusern werden Wechselausstellungen internationaler und österreichischer Kunst der Gegenwart und der klassischen Moderne gezeigt. Das MdM-Salzburg verfügt über eine Sammlung österreichischer Kunst der klassischen Moderne und der Gegenwart. Neben Malerei und Skulptur hat das Museum eine umfangreiche internationale Graphiksammlung. Einen weiteren Sammlungsschwerpunkt bildet die österreichische Fotografie nach 1945. Des Weiteren verwaltet das MdM-Salzburg die Fotosammlung der Republik Österreich (Österreichische Fotogalerie) sowie die Fotosammlung Fotografis der UniCredit Bank Austria als Dauerleihgaben.

as Museum der Moderne Rupertinum befindet sich in einem frühbarocken Gebäude in der Altstadt von Salzburg schräg gegenüber dem Festspielhaus am Furtwänglerplatz. Das Gebäude wurde 1653 von Erzbischof Paris Lodron errichtet. Unter dem Namen Collegium Rupertinum diente es einst der Ausbildung des Priester- und Beamtennachwuchses. 1976 erwarb das Land Salzburg das Gebäude für die Errichtung der damals Moderne Galerie und Graphische Sammlung Rupertinum genannten Einrichtung. Das Gebäude wurde vom Salzburger Architekten Gerhard Garstenauer adaptiert. Für das Äußere des Hauses wurden von Friedensreich Hundertwasser die „Zungenbärte“ entwickelt. Diese keramischen Applikationen befinden sich unter den Fenstern des Innenhofes und sorgten bei der Eröffnung des Museums im Jahr 1983 für heftige Diskussionen. Da das Museum im Laufe der Zeit für die Ausstellungstätigkeit zu klein wurde, kam es zur Erweiterung durch einen zweiten Museumsbau auf dem Mönchsberg.

Das Rupertinum beherbergt die Graphische Sammlung, die Moderne Galerie mit Wechselausstellungen, und die Österreichische Fotogalerie.

Der 2004 eröffnete Museumsbau befindet sich auf dem Mönchsberg, von dem aus man einen spektakulären Blick auf Salzburg hat.

Hier befand sich schon seit Bau des Mönchsbergaufzuges 1890 die Restauration Elektrischer Aufzug. 1946 pachtete der Hotelier Hermann Winkler das Haus von der Stadt, und ließ es großzügig zum Grand Café Winkler umbauen, ein beliebtes Tanzcafé und Ausflugsziel, in dem das Sattler-Panorama ausgestellt war (heutiger Standort ist das Panorama Museum). Von 1977–1993 beherbergte das Gebäude das Salzburger Casino, das heute im Schloss Kleßheim untergebracht ist, zu diesem Zweck wurde der Nachkriegsbau grundlegend umgebaut, nicht zu seinem Vorteil, das alte Café Winkler hatte durchaus als gelungen gegolten.

In den 1980er Jahren engagierte sich die Bürgerliste unter Johannes Voggenhuber für eine Museumsreform und die Weiterentwicklung der lokalen kulturellen Tradition. In diesem Zusammenhang wurde in den 1980er Jahren ein erster internationaler Architektenwettbewerb für ein Museum auf dem Mönchsberg ausgetragen. Die Realisierung des Siegerprojektes von Álvaro Siza Vieira scheiterte an verschiedenen Widerständen. In dieser Zeit war auch eine Kooperation mit dem Solomon R. Guggenheim Museum in New York in der Diskussion, für das Hans Hollein ein Museum im Fels des Mönchsbergs entwarf (Museum im Mönchsberg). Dieses Projekt wurde jedoch von der Salzburger Politik und dem damaligen Landeshauptmann Katschthaler verhindert.

Landeshauptmann Franz Schausberger erhob die Realisierung eines Museums am Berg zu einem seiner wichtigsten kulturpolitischen Ziele und erreichte in langen Verhandlungen die dafür notwendige Finanzierung durch Bund, Land und Stadt. Zur Realisierung des Projektes schrieb das Land Salzburg 1998 einen weiteren Architektenwettbewerb für einen Museumsbau auf dem Mönchsberg als Erweiterung des Rupertinums aus. Die internationale Jury unter dem Vorsitz von Luigi Snozzi entschied sich für das Projekt der Münchner Architekten Friedrich, Hoff und Zwink. Das neue Museum der Moderne auf dem Mönchsberg wurde am 23. Oktober 2004 mit einer, die zeitgenössische Sammlung des Rupertinums präsentierenden Ausstellung zum Thema „Vision einer Sammlung“ eröffnet.

Der Bau der Architekten Friedrich, Hoff und Zwink ist ein kubischer Mauerkörper mit einer breit gelagerten Öffnung an der Vorderseite. Hinter dieser verglasten Öffnung befindet sich das Restaurant des Museums. Die Architekten sahen die wichtigste architektonische Aufgabe darin, das Museum „in die Besonderheit seines Bauplatzes zu verankern“. Wie alle anderen Bauten an dieser Stelle, so reflektieren auch sie den beeindruckenden Blick auf die Stadt. Dieser Blick ist vom Restaurant aus möglich, das sich hinter einer breiten Fensterfront befindet und dem eine große Terrasse vorgelagert ist. Kleinere vorgelagerte und etwas tiefer liegende Terrassen sind der horizontalen Schichtung des Berges nachmodelliert.

Der Museumsbau steht in klarem Abstand zu dem 1892 errichteten Wasserturm und ist in seinem minimalistischen, klar modernistischen äußeren Erscheinungsbild ein Kontrast zur Ornamentik des Turms. Das Inneren des Gebäudes ist in Analogie zur serpentinenförmigen Landschaftsbewegung als Spirale angelegt. Der Besucher erreicht die drei Ausstellungsebenen über breite geradlinige Treppen, die von oben belichtet werden. Die hohen verglasten Treppenschächte öffnen das Gebäude nach oben und binden den Wasserturm in die Blickachse des Besuchers ein. Im Gegensatz zu dieser extrovertierten Gestaltung sind die Ausstellungsräume einfach und mit einer neutralen Wandabwicklung gestaltet. Mit ihrem stringent geschlossenen Raumkonzept unterstreichen die Architekten das Museum als Ort, „an dem sich Kunst und Betrachter begegnen“, als „Ort der Sammlung, der Betrachtung und des Austauschs“. Das geschlossene Raumkonzept wird jedoch an einigen wenigen Stellen aufgelöst. Auf der dritten Ebene gibt ein breites Fester den Ausblick auf die Skulpturenterrasse frei. Auf der vierten Ebene erhält der Besucher über Ausblicke einen Bezug zur Natur, die das Museum mit dem Naturschutzgebiet des Mönchsbergs umgibt. Die Architektur bildet den Rahmen für diese Ausblicke. Sie führt dem Besucher die Schönheit der Natur vor Augen und lässt je nach Jahreszeit immer wieder ein neues „Naturbild“ entstehen.

Das Museum der Moderne Mönchsberg verfügt insgesamt über drei Ausstellungsebenen von insgesamt 2300 m². Zwei davon sind mit Kunstlicht gestaltet, die oberste Ebene erhält durch Oberlicht natürliches Licht.
Die Innenausstattung des Restaurants stammt von Matteo Thun und reflektiert die ländlichen und religiösen Traditionen Salzburgs. Eine Lichtinstallation mit dem Titel Lusterweibchen aus Hirschgeweihen (eine Spende der Bundesforste) überspannt beinahe den gesamten Raum. An der Längswand gegenüber der Fensterfront befindet sich eine Bankzeile mit Verspiegelung, sodass auch jene das Panorama sehen können, die mit dem Rücken zur Aussicht sitzen. Im Restaurant herrschen die traditionelle Farben Kardinalrot und das Dunkelgrün der Jagd. Ein weiteres Gestaltungselement sind gold verzierte Sessel, die an erzbischöfliche Ausstattungen erinnern.

Am 1. Mai 2011 verausgabte die Österreichische Post im Rahmen der Dauermarkenserie Kunsthäuser eine Briefmarke zu dem Objekt am Mönchsberg.