A freguesia de N. S. de Nazareth de Saquarema teve origem em uma pequena capela, onde hoje está edificada a Igreja Matriz, pelo senhor Manoel de Aguillar Moreira e sua esposa D. Catharina de Lemos, em 1662. Em 1675 essa capela foi substituída por um templo de maiores proporções construído em pedra e cal. Arruinada pelo tempo, os habitantes da parte setentrional de Saquarema requereram ao Bispo Dom José Caetano da Silva Coutinho, por ocasião de sua visita à Saquarema em 1820, permissão para erigir nova Matriz não mais no local onde se achava, isto é, na eminência sobranceira do mar, mas em outro mais central que oferecesse comodidade aos moradores, já que a primitiva localização era em um promontório de mais difícil acesso. Atendendo àquela pretensão mandou o bispo por provisão eclesiástica de 12 de maio de 1820 erguer a nova Matriz no lugar então denominado Boqueirão do Engenho, nas terras para tal doada pelo Ten. Luis José de Almeida. A idéia, porém, de remover a sede da Igreja Matriz achou viva oposição popular vencendo partido daqueles que desejavam mantê-la no local original de 1662. A pedido do Vigário local, o Pe. Antônio Joaquim de Freitas, e com grande apoio popular, foi autorizada erguer a nova Matriz em seu promontório à beira-mar, tendo sido concluída em 1837, ficando sem efeito a provisão eclesiástica de 12 de maio de 1820 que previa sua transferência para o Boqueirão do Engenho. Em torno da nova Igreja Matriz desenvolveu-se Saquarema que, em Maio de 1841, foi elevada a categoria de Villa, criando-se assim o município e sendo neste mesmo ano instalada a Câmara Municipal.
No dia 8 de setembro, no mesmo dia em que foi encontrada a imagem pelo ano de 1630, conforme conta e estória local, é comemorada a festa de N. S. de Nazareth, atraindo grande número de romeiros à região. No dia 7 de setembro de 1947, véspera de mais uma festa religiosa em homenagem à padroeira, foi entronizada pelo Pe. José Zimmermann, em uma gruta localizada no sopé do morro da Igreja, a imagem de N. S. de Lourdes, formando assim um conjunto arquitetônico turístico-religioso.
A Igreja é prioridade nas visitas à cidade, tanto pela beleza arquitetônica, quanto pela sua localização privilegiada, no promontório, projetando-se sobre o mar de Saquarema. Proporciona o terceiro maior Círio de Nazareth do Brasil.